KOTA MAGETAN

Soal Uji Kompetensi Praktek Bioinformatika jurusan Biologi FMIPA UNS

Soal Uji Kompetensi Praktek Bioinformatika

soal dalam format doc (MsWord dpt didownload di sini : http://sutikno.blog.uns.ac.id/files/2010/01/soal-uji-kompetensi-praktek-bioinformatika.doc)

1. Carilah dan download sekuens nukleotida dg accession Number berikut: AB485685.1; AB485692.1; AB478782.1; AB485687.1; GU109270.1. Gen-gen apa ini, dan berasal dari organisme apa? (nilai 5) Buat alignment dari sekuens2 tsb dan jelaskan kekerabatan dari gen-gen tersebut! (nilai 10)
2. Carilah dan download sekuens asam amino dg accession Number berikut: ABD91578.1; AAF02819.1; CAA74745.1; AAG21133.1; CAA60170.1.  Protein-protein apa ini, dan berasal dari organisme apa? (nilai 5)  Buat alignment dari sekuens2 tsb dan jelaskan kekerabatan dari gen-gen tersebut! (nilai 10)
3. Berikut adalah hasil sekuens gen penyandi 16S rRNA dari isolat bakteri (3a,3b, 3c) yg tidak diketahui spesiesnya.

>3a

TGGAgCTTGCTCTGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTgCCCCTGACTCTGGGATAAGCGCTGGAAACGGCGTCTAaTACTGGATATGTCCCGTCACCGCATGGTGTGCGGGTGGAAAGATTTTTCGGTTGGGGATGGGCTCGCGGCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGTCGACGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCAACGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTAGCAGGGAAGAAGCGAGAGTGACGGTACCTGCAGAAAAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGTCTGTCGCGTCTGCTGTGAAATTCCGAGGCTCAACCTCGGGCTTGCAGTGGGTACGGGCAGACTAGAGTGCGGTAGGGGAGATTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGATCTCTGGGCCGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGGGTGGGGAGCAAACAGGCTTAGATACCCTGGTAGTCCACCCCGTAAACGTTGGGAACTAGTTGTGGGGTCCTTTCCACGGATTCCGTGACGCAGCTAACGCATTAAGTTCCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATACACGAGAACGGGCCAGAAATGGTCAACTCTTTGGACACTCGTGAACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGTTCTATGTTGCCAGCACGTAATGGTGGGAACTCATGGGATACTGCCGGGGTCAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAATGGGCTGCGATACCGTAAGGTGGAGCGAATCCCAAAAAGCCGGTCCCAGTTCGGATTGAGGTCTGCaAcTCGACCTCATGAAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAGATCAGC

>3b

TGCTGACCTGCGATTACTAGCGATTCCGACTTCATGCAGGCGAGTTGCAGCCTGCAATCCGAACTGAGAACGGCTTTCTGGGATTGGCTCCACCTCGCGGCTTCGCTGCCCTTTGTACCGTCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAACTCATAAGGGGCATGATGATTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCCGGTTTGTCACCGGCAGTCTCCTTAGAGTGCCCAACCAAATGCTGGCAACTAAGGACAAGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAACCATGCACCACCTGTCACCCCTGCCCCCGAAGGGGAAGGTACATCTCTGTACCGGTCAGGGGGATGTCAAGAGTTGGTAAGGTTCTTCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGTCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTCAGCCTTGCGACCGTACTCCCCAGGcggAgTGCTTAATGCGTTAGCTTCAGCACTGAAGGGCGGAAACCCTCCAACACCTAGCACTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTATAGGCCAAAGAGTCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCACATCTCTACGCATTTCACCGCTACACGTGGAATTCCACTCTTCTCTCCTATACTCAAGCCTCCCAGTTTCCAATGGCCCTCCCCGGTTGAGCCGGGGGCTTTCACATCAGACTTAAgAGGCCGCCTGCGCGCGCTTTACGCCCAATAATTCCGGACAaCGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCGCAAGGTACCGTCAAGGTGCCGCCAtTGCCTGCGGcACTTGTTCTTCCcTTACAACAgAACTTtACgACCCGAAaGCcTTCATCGTTcACGCG

>3c

ANGCGGCGGACGGGTGAGNAATGCCTGGGAAATTGCCCTGATGTGGGGGATAACCATTGG

AAACGATGGCTAATACCGCATAATAGCTTCGGCTCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTC

GCGTCAGGATATGCCCAGATGGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGCTCACCAAGGCGA

CGATCCCTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGAC

TCCTACGGGAGGCAGCANTGGGGAATATTNCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATG

CCGCGTGTATGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCAGTGAGGAAGGTGGTA

GTGTTAATAGCACTATCATTTGACGTTAGCTGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCC

AGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCA

TGCAGGTGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCTCGGAATTTGCATTT

GAAACTGGCAATACTAAANGTACTGTTAGAGNGGGGGTAGAATTTCANGTGTAANCGGGT

GAAATGCGGTAAANATCTTGAANGAATACCGGTGGCGAAAGGCGGGCCCCCTGGACAAAT

ACTGAACACTCAGANGCNGAAAGNCGNGGGGGAANCAANCAGGATTANATNNCCCTGGNT

ANTCCACCTCCGTAAACNAATGTTTACTTTGGNANGGTTNTNGNCNTTTGANCCCGNGGG

NTTTTCGGAAACTNANCCCGTTTAANTNAAACCGCCTTGGGGANNTCCCGNCCNCAGAAT

TTAAAAACNCNAGATNAATTTNGNCGNGGGCCCCCCCNAANCGGGTGNAANATNGTGGTT

TTAATTTCNAATNCCACCCCGAAANANCCCTTACCTNCTCNTTNGNATTNCCNAAAAATT

TNCCAAANTTNCTTTNNNGCNTCGGAAANNTCAAAACGGNNGCTTCATNGTCGNTNCCCC

ACNNNTNTGATAAAATGNTGGGGTNAANCCNNCNNAGGNCNANCCTTTNTCTTTTTTTCG

CNNCANTAGNTNNGGAAATNNCAGGNAAAANNCCNNGNAAAANCNNAANTANGTNGGAGA

NANTTNNATTTTATTGGNCCTATAATANGGGAACNACCNNNCTNANGNCGCNCAAAANGG

GGCCGTTTTNGAAANATNNNTNCCCAAATNNTNTANTCNTANAAANTGNNNCNNNNCGNT

TNNNACCTTANTAGGGNCAAAAACCNNNANTNTANCNNNTTTNNCCCCNCNNAANAANAN

NCCNNGCCNNNAAAAATTNNNACNAC

>3d

CTTCGGGTCTGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAACGTGCCCTCTTCTGCGGAATA

GCCACTGGAAACGGTGAGTAATACCGCATACGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGGAGGA

GGATCGGCCCGCGTTGGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAATGGCCTACCAAGCCTACGATCC

ATAGCTGGTTTTAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTAC

GGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTAGACAATGGGCGCAAGCCTGATCTAGCCATGCCGCGT

GAGTGACGAAGGCCCTAGGGTCGTAAAGCTCTTTCGCCTGTGATGATAATGACAGTAGCA

GGTAAAGAAACCCCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGTTAGCG

TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGATCANAAAGTTGGGGGTGAAAT

CCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTCCAAAACTTCTGGTCTGGAGTTCGAGAGAGGTGA

GTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAGCACCAGTGGCGAAG

GCGGCTCACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGTGTGGGGAGCAAACAGGATTA

GATACCCTGGTAGTCCACACCGTAAACGATGAATGCCAGTCGTCGGCGCGCATGCGTGTC

GGTGACACACCTAACGGATTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAACTC

AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTANTTCNAAGCAGCGC

GCAAAACCTTACNACCCTTGACATCCTGATCGCGGTGAGTGGANACACTTTCCTTCANTN

CGGCTGGATCANTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCCTCNCCTCNTGTCGTGAAATGTTCGG

TTAATTCCGGAACNACGCANCCCAATNCCTATTGCCACANTTCGCTTGGNCCTCTNTGNA

ACTGCCCTGANAACNGGAAGAANGTNGGATAANTCAATCCNTTGNCCTNCGGTTGGCTAC

CCNTGCTAATGGGGGGANANGGNTATCCCNAANCCCTCCATTCGATGGGGTNGCACTCNC

CCTTAAATCGATCCTATATCCNTAAANTNACNGGGATCNTTCCGGCTTTTACCCCCCATC

NTANAATTCCGCCCCTGNGNCNCATNGGNANNCCNCNTGGAGNANNTGNATTTTANGNCC

Bandingkan dg sekuens yg ada di database, isolat-isolat tsb paling dekat kekerabatannya dg spesies apa? (nilai 20)

1. Berikut adalah hasil sekuens dari suatu gen yg tidak dikenal :   Bandingkan sekuens tsb dg database protein.

>soal4

aaaaaatttg gagcaaatga agtattgaga gatattaatc ttactgttga aaagggtgaa

gtggttgcaa taattggacc atctggaagt ggtaaaagca ctttactccg ttgtatgaat

ttgttagatg taccttcaaa aggtaaagtt atatttgaag ataatgaatt aactcaacat

aatgttcatt tagataattt acgacaaaaa atgggtatgg tatttcaaaa ttttaattta

tttcctcata aaaaggtcat tgaaaatgta atgttggcac cacttttatt acataaagat

agtaaagatc aattaaaaga gaaagcttta tatttacttg aaaaagtggg gcttaaagac

aaagcagatt catatcctaa tcaactgtct ggaggtcaaa aacaaagagt tgctattgca

Menyandikan protein apakah potongan gen tersebut? (nilai 5)  Berasal dari organisme apa? (nilai 5)

1. Berikut adalah hasil sekuens dari suatu potongan gen yg tidak dikenal.

>soal5

GTAACAGGAACGAATAAAGTAGGAACTGGTAAAGGTGTATTAGGAGATACGAAATCGCTTAATACAACGT

TATCTGGGTCATCTTACTACTTGCAAGATAATACGCGCGGGGCAACAATTTTCACATATGATGCGAAAAA

CCGTTCAACATTACCGGGAACATTATGGGCAGATGCAGATAATGTTTTCAATGCAGCGTATGATGCAGCA

GCAGTAGATGCTCATTTCTATGCTGGTAGAACATATGATTATTATAAAGCTACATTTAATAGAAACTCTA

TTAATGATGCAGGAGCACCATTAAAATCAACAGTTCATTACGGAAGTAAGTATAATAATGCATTCTGGAA

CGGTTCACAAATGGTATACGGAGATGGTGATGGTGTAACATTCACTTCATTATCTGGTGGAATTGATGTA

ATTGGTCACGAATTAACGCATGCTGTTACGGAAAATAGCTCGGATTTAATTTATCAAAATGAATCAGGAG

CGCTAAATGAAGCAATTTCTGATATCTTTGGTACTTTAGTAGAATACTATGATAATCGTAATCCAGATTG

GGAAATTGGTGAAGATATTTACACGCCTGGTAAAGCAGGAGATGCACTTCGCTCTATGAGTGATCCAGCG

AAATATGGTGACCCAGACCATTATTCTAAGCGTTACACTGGTACTAGTGATAACGGTGGGGTTCATACGA

ACAGTGGTATTATTAACAAGCAAGCTTATTTATTAGCAAATGGCGGTACGCATTCTGGTGTAACTGTAAC

TGGTATTGGTAAAGATAAATTAGGTGCGATTTACTACCGTGCAAATACACAGTATTTCACGCAATCTACT

ACATTTAGTCAAGCTCGTGCTGGTGCAGTACAAGCTGCAGCGGATTTATATGGTGCTAGCTCTGCAGAAG

TAAATGCAGTGAAGCAATCATTTAGTGCTGTTGGTATTAAC

Cari di database, gen apakah ini? (nilai 5) Berasal dari organisme apa? (nilai 5)

Petunjuk :

Jawab pertanyaan di atas dalam file word.  Serahkan dalam bentuk softcopy di CD beserta lampiran yg diminta:

-Utk no 1 & 2 sertakan file sekuensnya (halaman NCBI) dan kopi dalam format fasta dalam notepad atau word. Sertakan juga file hasil alignmentnya (hasil clustal).

-Utk no 3-5 sertakan file hasil blast-nya.

Nilai kelengkapan lampiran 30.